基金操作难度加大
一位基金公司副总经理透露，在第二批试点公司中，他们旗下基金持有的股份市值占到了基金仓位的15％，大面积股票的停牌，事实上已使基金的这部分仓位被锁死。此前，虽有首批4家试点公司的股票停牌，但持有这4家公司股票的基金数量并不多，所以影响不大。据估计，有超过100只基金持有第二批42家试点公司的股票，部分基金持股甚至占据了这些公司流通盘的相当大比例。据银河证券基金研究中心统计，长电、宝钢、上港集箱这三只股票都是众多基金的重仓股，截至2005年6月17日，这三只股票的流通市值分别为190.03亿元、172.85亿元和68亿元，据测算，基金持有的这三只股票的市值在200亿左右，占基金现有股票市值1500亿元的13.33％。
这些停牌的股票有些可以认作交易性品种，有些则是流动性较佳的大盘蓝筹股，这些股票的停牌，使得持有这些股票的基金无法操作，还使一些新近成立的新基金无法在短期内按照原有步骤逐步购入这些股票。不过，从另一方面看，停牌也使基金净值的波动明显减小，因为主要指标股、基金重仓股停牌了，基金的净值也基本保持了稳定。
ETF溢价明显
在42家公司中有7家是上证50指标股，这7家公司参与股权分置改革试点停牌当日，上证50ETF出现大幅溢价。当日上证指数上涨2.38％，而ETF上涨了4.51％，并且在整个交易日中，ETF始终处于溢价交易状态，最大溢价曾达到2％。上交所副总经理方星海认为，ETF大幅溢价是因为在这7家公司停牌期间，ETF起到了提供市场需要的流动性和价格发现功能。据介绍，这7只股票占上证50指数26.98％的权重，如果以当日平均1.35％的超额溢价测算，这7只股票在复牌后预计有5％的平均涨幅。
指数型基金被动接招
事实上，受大面积停牌影响最深的还是那些传统型指数基金，尤其是那些完全复制的被动型指数基金。据申银万国基金研究员朱贇介绍，这些指数的主要指标股被停牌后，如果发生较大的申购，新进来的资金无法根据原有的指数权重结构相应配置到各只股票，这样便会造成偏离度加大，同理，赎回也会造成同样结果。换句话说，指数基金在实际管理过程中，由于投资者申购而增加的资金可能不能及时地转化为目标指数的成份股票，或在面临投资者赎回时，无法以赎回价格将股票及时地转化为现金。这些情况使得指数基金在跟踪指数时存在一定的跟踪偏离风险。在这方面，增强型指数基金稍有优势，其配置资金的途径更多一些。
目前有观点认为，因为预期这些停牌股后市看涨，指数基金存在套利机会，不过朱贇指出，事实上没有多大套利空间，如果持续净申购则会摊薄原持有人利益。不过，如果真有大量持续净申购，可以预见的是，基金偏离度会进一步加大。
对如何有效控制权重股因长时间停牌而发生偏离度风险问题，有基金经理坦言，事前也未预料到会有这种情况出现，所以目前便无应对之策。据介绍，国际上有一种通行的方法，即标的公司在停牌超过一定期限后，基金可以将其剔除出成份股名单而选择其他股票，但这对完全复制的指数基金恐怕不太适用。业内人士指出，随着股权分置改革的全面推行，想必不时会出现许多公司因股权分置改革试点而同时停牌的情况，如何未雨绸缪，及早完善基金投资制度还需市场各方考虑。